Le Musée des beaux-arts repose sur un financement public octroyé par la ville du Locle et celui apporté par la Société des Beaux-Arts et du Musée, Le Locle.
En 2021, les expositions du MBAL ont reçu le soutien de la Loterie Romande.
L’exposition Montagne Magique Mystique a reçu la contribution de la Fondation Le Cèdre, de la Fondation Philanthropique Famille Sandoz et du Contrôle des Métaux Précieux.
Le programme destiné au jeune public est soutenu par la Fondation Pierre Mercier.
Nivarox-FAR S.A. et le Kunstmuseum Luzern comptent également parmi les partenaires du MBAL.
